Terminologie du cycle de Krebs
On apprend généralement par coeur les noms des enzymes et intermédiaires du cycle de l’acide citrique ou cycle de Krebs, sans se soucier de ce qu’ils peuvent bien vouloir dire. Mais il se trouve certaines personnes qui ne peuvent retenir ce qui n’a aucun sens, et qui ont besoin de savoir pourquoi elles nomment telle ou telle molécule de telle ou telle façon!
1ère étape:
SUBSTRAT: oxaloacétate
oxalo: l’acide oxalique est un acide éthanedioïque (deux fonctions -COOH), son nom vient de l’oxalis petite oseille (Oxalis acetosella); acétate: l’acide éthanoïque (une seule fonction -COOH) tient son nom du latin acetum (vinaigre).
PRODUIT: citrate
triacide présent dans le citron
ENZYME: citrate synthase
une synthase est une enzyme servant à la synthèse et n’utilisant pas d’ATP
2e étape:
SUBSTRAT: citrate
PRODUIT: cis-aconitate puis isocitrate
l’aconitate est un triacide comportant une insaturation, et tient son nom de l’Aconitum napellus (aconit napel), qui est la plante la plus toxique en France!
ENZYME: aconitase
3e étape:
SUBSTRAT: isocitrate
PRODUIT: oxalosuccinate, puis α-cétoglutarate
l’acide succinique ou butanedioïque tient son nom de l’ambre (succinum en latin); l’acide glutarique ou pentanedioïque tient son nom du gluten, qui a donné son nom à la glutamine (il y a beaucoup de glutamines dans le gluten)
ENZYME: isocitrate déshydrogénase
4e étape:
SUBSTRAT: α-cétoglutarate
PRODUIT: succinylCoA
ENZYME: α-cétoglutarate déshydrogénase
5e étape:
SUBSTRAT: succinylCoA
PRODUIT: succinate
ENZYME: succinate thiokinase
6e étape:
SUBSTRAT: succinate
PRODUIT: fumarate
le fumarate ou acide acide (E)-but-2-èn-1,4-dioïque est l’isomère E de l’acide maléique, et tient son nom de la Fumaria officinalis (fumeterre officinale)
ENZYME: succinate déshydrogénase
7e étape:
SUBSTRAT: fumarate
PRODUIT: malate
le malate ou acide hydroxybutanedioique tient son nom de la pomme qui en contient (malum en latin)
ENZYME: fumarase
8e étape:
SUBSTRAT: malate
PRODUIT: oxaloacétate
ENZYME: malate déshydrogénase